El lugar elegido fue una hondonada, pequeño valle en el que afloran varios manantiales alimentados por torrenteras, situada al mediodía de la población, con algunos restos arqueológicos de un remoto pasado. Los cronistas cuentan que en ese lugar hubo una ermita que tuvo adosado un hospital bajo la advocación al señor Santiago. Lugar que fue fundado por el comendador don Diego de Alvarado, siendo su nieto, del mismo nombre, el que lo cedió en 1562, con una huerta, para que allí se levantara el cenobio franciscano. La primera comunidad de franciscanos llegó a Lobón en 1564, permaneciendo en el convento hasta la exclaustración, en el contexto de la Revolución Liberal española (año 1835).

El número de frailes varió en sus casi tres siglos de historia. A mediados del siglo XVII formaban la comunidad catorce frailes. En 1753 (Catastro del marqués de la Ensenada) habitaban en él trece sacerdotes, cinco legos, un corista y dos donados. Fue colegio de Artes de la provincia franciscana de San Miguel. Entre sus moradores distinguidos en las letras y en las ciencias figuraron fray Baltasar Pacheco, profesor de Artes, fray Juan Blanco, guardián y ministro provincial, y fray Juan Mateo Reyes Ortiz de Thovar, autor de los Partidos triunfantes de la Beturia Túrdula, obra en la que describe al convento: “Existe un convento de frailes franciscos, con la advocación de Santiago. Hay en este convento una imagen de María Santísima de la Concepción, muy hermosa y tanto que dicen las gentes este refrán: Santa Rosa la de Hornachos, San Diego el de Fuentes y Concepción la de Lobón”.

A finales del siglo XVIII recibían culto en la iglesia del convento las imágenes de Nuestra Señora del Rosario, San Francisco y el Santísimo Cristo de los Desamparados. Por los libros sacramentales de la parroquia sabemos que desde 1806 hasta 1816, la comunidad de religiosos franciscanos regentó y administró la iglesia de Lobón. Un año después, en 1817 el padre Guardián informaba al Ayuntamiento que era imposible establecer en el convento una Escuela para instruir la doctrina cristiana por hallarse el edificio arruinado por los franceses.

Hoy sólo son visibles ruinas de algún paredón y escasos restos de la iglesia, que con el tiempo siguen cayéndose en una lenta agonía de lo que fue un centro de espiritualidad, escuela de artes, ciencia y cultura.